Muun muassa Bladet sekä Batman Beginsin ja osin sen jatko-osan, Dark Knightin, kynäillyt käsikirjoittaja David Goyer on kiinnitetty tulevan X-Men-spinoffin, Magneton, ohjaajaksi. Goyer myös ehostaa elokuvan käsikirjoituksen, jonka on kirjoittanut Sheldon Turnerin.

Elokuva keskittyy nimensä mukaisesti trilogian pääpahana olleeseen Magnetoon (trilogiassa häntä näytteli Ian McKellen). Se perustuu kuitenkin kyseisen hahmon syntyyn hänen ollessaan 20-vuotias, joten McKellen ei välttämättä esiydy elokuvassa ollenkaan.

Magneto sijoittuu toisen maailmansodan aikaiseen Auschwitzin keskitysleirille, jossa Magneto perheineen yrittää selvitä hengissä. Nuoren miehen mutanttikyvyt, metallin manipulaatio, tulevat ensimmäistä kertaa esiin ja hän käyttää niitä kostaakseen häntä kiduttaneille natsisotilaille. Elokuvassa nähdään myös professori Xavier (trilogiassa Patrick Stewart) keskitysleiriin saapuvana sotilaana.

Elokuva aloittaa tuotannon heti kun saagan toinen spinoff, Wolverine, saadaan valmiiksi. Wolverinen käsikirjoituksesta vastaa David Benioff (25th Hour) ja pääroolissa nähdään trilogiassakin melskannut Hugh Jackman.