12-vuotiaan Maryn (Hana Sugisaki) kesä on tylsyyden täyttämä, sillä energinen tyttö on tupattu isotäti Charlotten (Shinobu Otake) hoteiseen kauaksi kaupungin vilinästä. Maatilalla aika kuluu mataen, mutta kaikki muuttuu, kun Mary, etsiessään kadonnutta Tib-kisaansa, päätyy sumun täyttämään metsään, ja löytää Noitakukan siemenet, jotka lennättävät tytön pilvien taakse, Endorin taikaopistoon. Siellä kaikkien ihmeiden taustalla ollaan kuitenkin suunnittelemassa pahoja, joten Maryn pyrkimyksistä palata kotiin tuleekin pian vaarallinen ja vauhdikas pelastusoperaatio.

Legendaarisen japanilaisen animaatiotalo Studio Ghiblin jäätyä eläkkeelle, osa sen tekijöistä päätti jatkaa perinteitä nimellä Studio Ponoc -nimikkeen alla. Hiromasa Yonebayashin ohjaama ja Riko Sakaguchin kanssa kirjoittama Mary ja noidankukka perustuu Mary Stewartin kirjaan Pikku noitaluuta (1971), jonka lienee myös yksi J.K. Rowling lukenut nuoruudessaan, sillä siinä määrin alkuperäistarinassa on velhokouluineen ja luutaratsastusopintoineen (ei sentään puhuta huispauksesta) yhtäläisyyksiä neidin kirjoittamiin Harry Potter -seikkailuihin.

Käsityönä tehty animaatio ei esitä ihmeitä, vaan luottaa japanilaisen piirrosperinteen riittävän menestykseen, mutta Ponoc ei ole Ghibli eikä Yonebayashi legendaarinen taitaja Hiao Miyazaki. Pääpointti tarinassa on on taikakoulun ihmeiden esittelyssä ja perinteisesti itsensä löytämisessä, joskin taustalla kulkee myös hentona kommentaarina eläinsuojelullinen sanoma, sillä myös Endorissa käytetään viattomia luontokappaleita loitsukokeiden kohteina.

Alkuperäisellä ääniraidalla hahmoja tulkitsevat Hana Sugisaki (Mary), Shinobu Otake (Isotäti), Ryonosuke Kamiki (postipoika Peter), Yuki Amami (Endorin rehtori Mumblechook) ja Fumiyo Kohinata (Endorin tohtori Dee). Suomidubissa esiintyvät mm. Sanni Siltala, Ohto Heiskanen sekä Satu Silvo.

Peruspätevä japanilaisanimaatio todennäköisesti viehättää niistä pitäviä, vaikka matkaa niihin legendaarisimpiin saavutuksiin jääkin vielä kurottavaksi.